Merton onderzoekt, vaak in samenspraak met zenmeester D.T. Suzuki, de rationele ongerijmdheden van zen. Met Japanse kunst en filosofie, en de geschriften van woestijnvaders, Augustinus, Eckhart en anderen, verkent hij overeenkomsten en verschillen tussen christelijke mystiek en zen.
Verwijzend naar analogieën tussen zen en christelijke mystiek laat Merton zien dat zen ons kan helpen om ons christelijk geloof veel meer te zien als een levende ervaring. Zen kan ons leren verder te gaan dan de formulering van het geloof, niet om deze te verwerpen, maar om tot grotere innerlijke diepte te komen.